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Für die Farbe der Iris ist das braunschwarze Pigment Melanin verantwortlich. Dieses Pigment reflektiert bzw. absorbiert spezielle Wellenlängen weißen Lichts, dadurch entstehen die Augenfarben blau, braun und grünbraun sowie sämtliche Abstufungen dieser Farben.
Welche Farbe die Iris hat ist von der Konzentration des Melanins abhängig.
• Hohe Melaninproduktion = braune Augen
• Niedrige Melaninproduktion = blaue Augen
Die Iris besteht aus zwei Gewebeschichten. Die Augenfarben Grün und Braun (bzw. die möglichen Schattierungen) sind von der Melaninmenge in der vorne gelegenen Stroma abhängig. Sind diese Pigmente dort nicht vorhanden scheint das hinter der Stroma liegende Pigmentepithel blau durch.
Ab und zu lagern sich diese Pigmente nur in einem Auge ein.
Diese so genannte Iris-Heterochromie hat zur Folge, dass man zwei Augen unterschiedlicher Farbe hat.
In seltenen Fällen können sich gar keine Pigmente in der Regenbogenhaut einlagern. In solchen Fällen scheint die Iris rot, da die Blutgefässe hinter dem Auge durchscheinen. (Albinismus)
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